Организационная структура военного института определяется штатом, утверждаемым директором Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации — главнокомандующим войсками национальной гвардии Российской Федерации.
Структурные подразделения военного института действуют на основании положений, утверждаемых локальными нормативными актами военного института.
