Охрана здоровья военнослужащих военного института достигается созданием и поддержанием здоровых условий службы и быта, систематическим закаливанием и занятиями физической подготовкой, осуществлением санитарно-противоэпидемических (профилактических) и лечебно-профилактических мероприятий.
Для обеспечения невосприимчивости военнослужащих к инфекционным и другим болезням проводятся оздоровительные мероприятия, в том числе — предохранительные профилактические прививки, которые могут быть плановыми и по эпидемическим показаниям. Медицинскими работниками военного института осуществляется регулярный контроль за условиями службы и быта военнослужащих, питанием, водоснабжением и другими сферами жизнедеятельности.
Основными способами определения состояния здоровья являются диспансеризация, амбулаторное, стационарное лечение военнослужащих.
Медицинской службой ведется постоянный контроль состояния здоровья личного состава, проводится раннее выявление заболевших и их госпитализация в ведомственные медицинские учреждения. Регулярно изучаются условия военной службы военнослужащих, выявляются факторы, негативно влияющие на их здоровье. Подготовленные и сертифицированные специалисты медицинской службы осуществляют постоянное наблюдение за состоянием здоровья военнослужащих, на протяжении всего периода службы (обучения), с целью профилактики и предупреждения развития заболеваний.
В военном институте имеется военная поликлиника с лазаретом на 35 коек. Прием ведут высококвалифицированные врачи различных направлений. Медицинская деятельность осуществляется на основании лицензии на осуществление медицинской деятельности от 3 октября 2017 г. серия № 0026912 рег. № ФС-64-01-001778, выданной Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития.
В соответствии с санитарно-эпидемиологическим заключением от 23 ноября 2016 г. № 2760299 рег. № 77.ВВ.03.000.М.000048.11.16, выданным ГЦГСЭН внутренних войск, образовательная деятельность в военном институте соответствует государственным санитарно-эпидемическим правилам и нормативам.